Kantor Kesehatan Pelabuhan Kelas I Medan merupakan salah satu Unit Pelaksana Teknis (UPT) Kementerian Kesehatan yang berada dibawah dan bertanggung jawab kepada Direktur Jenderal Pencegahan dan Pengendalian Penyakit Kementerian Kesehatan. Sesuai Peraturan Menteri Kesehatan RI No. 33 Tahun 2021 tentang Organisasi dan Tata Kerja; Kantor Kesehatan Pelabuhan terdiri dari Kepala Kantor, Sub Bagian Administrasi dan Umum, kelompok jabatan fungsional, wilayah kerja dan Instalasi. Struktur organisasi sebagai berikut :
